Seperti halnya komputer, PLC juga mempunyai instruksi program kontrol, seperti RESET, JUMP, JUMP to subroutine, serta fungsifungis input dan output immediate, dsb.
1. Instruksi Master Control Reset (MCR)
Instruksi MCR (Master Control Reset), selalu digunakan secara berpasangan, dan dituliskan sebagai "batas" dari suatu grup instruksi yang dapat dieksekusi (lihat Gambar 11.61: Aplikasi Instruksi MCR). Beberapa instruksi output, yang biasa disebut override instructions, mengandung arti pemindaian (scanning) ladder kontrol jika terdapat kondisi input tertentu. Penggunaan instruksi ini akan meningkatkan fleksibilitas dan efisiensi program serta mengurangi waktu pindai dengan melompati sejumlah instruksi yang prosesnya tidak diperlukan. Dalam diagram relay instruksi tsb disebut master control relay, dalam PLC disebut master control reset.

Gambar 11.64: Aplikasi Instruksi MCR
Perangkat keras MCR digunakan untuk memutus semua atau sebagian relay dalam diagram ladder dengan cara mengonkan MCR dengan logik relay input.
2. Instruksi Jump (JMP) dan Label (LBL)
Instruksi jump (JMP) dan label (LBL) digunakan bersama. Jika JMP dieksekusi, maka program pada rang akan loncat ke rang dengan instruksi LBL dan meneruskan eksekusi urutan instruksi berikutnya. Salah satu aplikasi instruksi JMP dan LBL dapat dilihat pada Gambar 12-62). Terdapat produk yang menggunakan skip dan go to untuk instrukdi jump.

Gambar 11.65: Aplikasi Instruksi JMP dengan Satu LBL
3. Instruksi Jump to Subroutine (JSR)
Instruksi jump to sub-routin (JSR), subroutine (SBR), dan return (RET) digunakan bersama dalam sebuah program. Prinsip kerja instruksiinstruksi tsb dapat dilihat pada Gambar 11.63: Instruksi Jump to Subroutine.
Jika instruksi JSR dapat dieksekusi, maka program akan loncat dari program utama ke rang yang mengandung instruksi SBR. Subroutine akan dieksekusi hingga pada instruksi RET. Instruksi RET akan pengembalikan program ke rang ladder dalam program utama setelah ada instruksi JSR.